Hondroitin sulfat (CS) je razvrščen kot član glikozaminoglikanov (GAG), znanih tudi kot mukopolisaharidi, ki so stranske verige ogljikovih hidratov in so bistvene sestavine proteoglikanov. Vsi glikozaminoglikani so sestavljeni iz 1,4-glikozidno povezanih disaharidnih enot. V primeru hondroitinov žveplova kislina je redno priključen na kisik or dušik atomi, tako da običajno reagirajo močno kislo. Hondroitin sulfata A in C sestavljata glukuronska kislina in N-acetil-D-galaktozamin. Hondroitin sulfat B ima podobno strukturo. Znan je kot dermatan sulfat ali beta-heparin iz L-iduronske kisline in NAG-4-sulfata.
Po eni strani, kondroitin sulfat vstopi v telo s hrano. Najdemo ga v mesnih in morskih živalih, zlasti v školjkah in ostrigah. Po drugi strani pa se glikozaminoglikan lahko tvori v samem telesu. Endogena sinteza zahteva glukozamin sulfat, najprimernejši substrat za biosintezo glikozaminoglikana. Hondroitin sulfati kot živalski proteoglikani so v glavnem vključeni v hrustanec tkiva in tako predstavljajo glavne medcelične sestavine vezivnega tkiva, hrustanec in kosti. Vendar pa jih lahko najdemo tudi v koža in telesne sluzi.
Tehnično so nekoč hondroitin sulfate pridobivali iz morskega psa hrustanec, kasneje pa tudi iz govejih in prašičjih traheid.
