Ker melatonin se presnavlja predvsem s CYP1A encimi, lahko komunicira z droge ki se prav tako presnavljajo ali zavirajo CYP1A.
Zaviralci CYP1A vključujejo estrogeni v obliki kontraceptivi in hormonsko nadomestno zdravljenje (HER) ali antidepresiv fluvoksamin. Sočasna uporaba melatonin z zaviralci CYP1A povzroči presežek melatonina. Nikotin zloraba pa zmanjša melatonin ravni.
