Stranski učinki
Neželeni učinki klonidin so razloženi z lokalizacijo receptorjev α2. Receptorjev α2 najdemo ne samo v simpatičnem delu avtonomne živčni sistem, ampak tudi na primer v kri plovila. To lahko privede do težav s krvnim obtokom, zlasti pri spreminjanju položaja telesa iz ležečega v stoječ (ortostatska disfunkcija) s padcem kri pritisk.
To ni lahko le posledica aktivacije receptorjev na plovila, ampak tudi rezultat zmanjšane aktivnosti simpatikusa živčni sistem, kar nato pripelje do relativne prevlade simpatičnega nasprotnika, ker parasimpatični del ni prizadet. Ta vidik vodi tudi do neželenih učinkov, kot je suho usta. Nadaljnji neželeni učinki so lahko utrujenost in zmanjšana zmogljivost. Po nenadni prekinitvi zdravljenja klonidin, lahko se pojavi bujna reakcija z nasprotnim učinkom (pojav odboja).
