Parafunkcije predstavljajo najpomembnejši dejavnik mišičnih vzrokov CMD.
Parafunkcije vključujejo jezik stiskanje, stiskanje zob in škrtanje z zobmi.
V tem primeru pride do močne preobremenitve na področju zob, temporomandibularno spoji in muskulature, torej celotno kraniomandibularni sistem.Najpogosteje imajo parafunkcije psihološke vzroke, kot so stres, jeza ali tesnoba. Za odpravo parafunkcij se je treba vedno posvetovati s psihologom, saj ugrizne opornice preprečujejo parafunkcije, dokler so obrabljene, vendar ne odpravijo vzroka.
Posledice let funkcionalne motnje so lahko spremembe v muskulaturi in temporomandibularnem sklepu, kot so vnetje, otrdelost ali skrajšanje muskulature.
To vodi do bolečina in če se parafunkcije ne zdravijo, lahko tudi vodi do disfunkcije temporomandibularnega spoji.
