Razvrstitev glede na encimsko strukturo
Skoraj vsi encimi so beljakovin in jih lahko razvrstimo glede na dolžino beljakovinske verige: Poleg tega obstajajo posamezne beljakovinske verige, ki vsebujejo več encimskih aktivnosti, ti se imenujejo večnamenski encimi.
- Monomerni encimi, sestavljeni iz samo ene beljakovinske verige
- Oligomerni encimi, sestavljeni iz več beljakovinskih verig (monomerov)
- Multiencimske verige Nekaj encimi ki medsebojno sodelujejo in urejajo. Te encimske verige katalizirajo zaporedne korake v presnovi celice.
Razvrstitev po kofaktorjih
Nadaljnja klasifikacija je klasifikacija po preučitvi kofaktorjev. Kofaktorji, koencimi in ko-substrati so imena za različne klasifikacije snovi, ki vplivajo na biokemične reakcije s svojim delovanjem encimi. Upoštevajo se organske molekule in tudi ioni (večinoma kovinski ioni).
Čisti proteinski encimi so sestavljeni izključno iz beljakovin in aktivno središče tvorijo samo aminokislinski ostanki in peptidna hrbtenica. Aminokisline so razred organskih spojin z vsaj eno karboksi skupino (-COOH) in eno amino skupino (-NH2). Holoencimi so sestavljeni iz beljakovinskega dela, apoencima in kofaktorja, nizkomolekularne molekule (brez beljakovin).
Oboje skupaj je pomembno za delovanje encima. Koencimi Organske molekule kot kofaktorje imenujemo koencimi. Če so kovalentno vezani na apoencim, jih imenujemo protetične skupine ali ko-substrat.
Protetična skupina je nebeljakovinska komponenta, ki je trdno (običajno kovalentno) vezana na beljakovino in ima katalitični učinek. Kozubstrati so imena različnih klasifikacij snovi, ki vplivajo na biokemične reakcije s svojim delovanjem z encimi. Kot biokatalizatorji, molekule, ki pospešujejo reakcije v organizmih, encimi pospešujejo biokemične reakcije. Zmanjšajo aktivacijsko energijo, ki jo je treba premagati, da se snov lahko pretvori.
