Slabost
Čeprav osnovni mehanizem še ni znan, slabost pojavi pri nekaterih bolnikih, zlasti na začetku zdravljenja z Wobenzym®. The slabost običajno ni preveč izrazit in ga ne spremlja bruhanje. Vendar pogosto vztraja skoraj ves dan in zato dolgoročno še vedno predstavlja veliko psihološko breme za prizadete. The slabost se lahko zdravi z dimenhidrinatom (Vomex®), saj do danes ni poročil o medsebojnem delovanju te učinkovine z zdravilom Wobenzym®. V mnogih primerih pa slabost sama po sebi izgine po določenem obdobju aklimatizacije (nekaj tednov).
Driska
Nekaj bolnikov se razvije driska v začetni fazi zdravljenja z Wobenzym®. Natančni mehanizmi za to povezavo še niso bili ugotovljeni, vendar se domneva, da encimi vsebovani v pripravku povečajo črevesno aktivnost. Glede na trenutno znanje ni razloga, da bolniki ne bi jemali loperamid za lajšanje driska v teh primerih. Vendar se driska vseeno pogosto izboljša v nekaj dneh in pogosto po enem do dveh tednih popolnoma in trajno izgine.
Alergija
Čeprav tega opažanja še ni mogoče natančno razložiti biološko in farmakološko, uporaba Wobenzyma® povzroči zmanjšanje krisposobnost strjevanja pri nekaterih bolnikih. Iz tega razloga je potrebna previdnost pri bolnikih, ki že redno jemljejo antikoagulante (npr. Marcumar) ali antitrombocite (npr. ASA ali klopidogrel). V teh primerih je treba, če je le mogoče, začeti z najmanjšim možnim odmerkom zdravila Wobenzym® in v prvih dneh in tednih zdravljenja redno preverjati parametre strjevanja, da se preprečijo krvavitve.
Sprememba stanja blata
Verjetno najpogostejši neželeni učinek zdravljenja z zdravilom Wobenzym® je sprememba sestave blata. Blato prizadetih oseb je pogosto mehkejše in bolj bledo, pritožujejo pa se tudi nad nenavadno pogostim iztrebljanjem. Čeprav slednji vidik običajno lahko omilimo z antidiaroičnimi zdravili (npr loperamid), ti ne spremenijo nenavadnega blata stanje. Zato je običajno treba le razmisliti o neškodljivosti teh sprememb in počakati prvih nekaj dni in tednov, saj se blato po tem obdobju običajno samo po sebi normalizira.
