Stranski učinki
Kot pri večini zdravil so tudi pri zaviralcih protonske črpalke opisali in opazili neželene učinke. Pogosti so bolečine v trebuhu in slabost, vendar lahko dolgotrajna uporaba povzroči tudi resne bolezni, pa tudi pogoste zlome kosti in resne bakterijske okužbe. Razlog za to je zvišanje ravni pH v želodčnem soku, saj je s tem veliko lažje bakterije preživeti in lahko povzroči resne okužbe prebavil.
Poleg tega kalcij ne more več tako enostavno absorbirati, kar poškoduje kosti. Starejši ljudje in otroci so veliko bolj izpostavljeni tem neželenim učinkom. Nove znanstvene študije so pokazale, da se dajanje zaviralcev protonske črpalke običajno predpisuje prepogosto in predvsem predolgo. Na primer, nekatera zdravila so želodec medtem ko jemljete nekaj proti bolečinam, nato pa se po prenehanju uporabe zdravila proti bolečinam ne prenehajo. Ker glavni učinek v teh primerih ni več potreben, tam očitno prevladujejo neželeni učinki.
