Sinusna aritmija je običajno fiziološki in ne vodi do sekundarnih bolezni. Vendar se lahko v zelo redkih primerih zaradi vzroka pojavijo naslednje bolezni ali zapleti sinusna aritmija.
Srčnožilni sistem (I00-I99).
- Miokardni infarkt (srce napad).
- Nenadna srčna smrt (PHT)
- Skok v drugačen srčni ritem
Psiha - živčni sistem (F00-F99; G00-G99)
- Anksioznost