Naslednji simptomi in pritožbe lahko kažejo na japonski encefalitis:
- Blaga gripapodobna bolezen - v večini primerov.
Meningoencefalitis* (incidenca: 1 od 250 okužb).
- Približno vsak 250. primer okužbe.
- visoka povišana telesna temperatura, običajno 10 dni.
- Splošen občutek bolezni
- Cefalgija (glavobol)
- Slabost (slabost) / bruhanje
- Motnje zavesti
- Zasegi
- Refleksne motnje
- Zmedo
- Vedenjske spremembe
- Tremor (tresenje)
- Pareza (motorična paraliza)
- Motnje hoje
- Koma
* Kombinirano vnetje možganov (encefalitis) in meninge (meningitis) Letalnost (smrtnost glede na skupno število ljudi, ki trpijo za boleznijo) pri prizadetosti centralnega živčnega sistema je 30-35%. Otroci in starejši pogosteje zbolijo za boleznijo.