Sledijo najpomembnejše bolezni ali zapleti, na katere lahko vpliva Whipplejeva bolezen:
Oči in očesni dodatki (H00-H59).
Kardiovaskularni sistem (I00-I99)
- Endokarditis (vnetje endokarda; drugo najpogostejše mesto).
- Miokarditis (vnetje srce mišice).
- Perikarditis (vnetje perikarda) z ventilsko insuficienco.
Mišično-skeletni sistem in vezivnega tkiva (M00-M99).
- Poliartritis (vnetje več spoji).
- Sinovialitis (vnetje sinovialne membrane)
Psiha - živčni sistem (F00-F99; G00-G99)
- Amnezija (izguba spomina)
- Ataksija (motnje hoje)
- Paraliza pogleda
- Demenca
- Epilepsija (napadi)
- Moten ritem spanja in budnosti
Simptomi in nenormalne klinične in laboratorijske ugotovitve, ki niso uvrščeni drugje (R00-R99).
- Pleuritis (plevritis).