Izoflavonoidi imajo molekularno strukturo, podobno steroidnemu estrogenu (ženski spolni hormon), zato jih tudi imenujejo fitoestrogeni. Vendar pa je njihova hormonska aktivnost v primerjavi z estrogenom, ki nastane v organizmu sesalcev, faktor za 100 do 1,000. Zaradi kemijsko-strukturne podobnosti z ženskim spolom hormoni, izoflavoni zaužit s hrano se lahko veže na tako imenovani receptor estrogena tipa 2 in ga blokira za endogeni estrogen. Skladno s tem izoflavoni pri ženskah v postmenopavzi z nizko koncentracijo endogenega estrogena kaže bolj estrogeni učinek, medtem ko imajo izoflavoni pri ženskah v premenopavzi antiestrogeni učinek z zaviranjem estrogenskih receptorjev.
